四川农业大学玉米研究所的前身是1963年农业部批准以著名玉米遗传育种学家杨允奎教授任主任的数量遗传实验室，文化革命后四川省人民政府批准为数量遗传研究室，1997年发展为四川农业大学玉米研究中心，2000年更名为四川农业大学玉米研究所。2004年四川农业大学玉米研究所被学校批准为正处级独立科研教学机构，2011年获批农业部西南玉米生物学与遗传育种重点实验室建设，2017年进入国家“双一流”建设学科行列。

玉米所现有一支以中国工程院院士荣廷昭教授领衔的研究队伍，具有正高级职称13名、博士学位32人，其中中国工程院院士1人、国家有突出贡献的中青年专家1人、国家万人计划和优秀青年基金获得者3人（次）、享受国务院政府津贴专家7人、四川省学术技术带头人7人。主要从事作物遗传育种和生物化学与分子生物学领域内的教学和科研工作，设有分子生物学、基因工程、细胞工程、数量遗传与生物信息学和玉米育种学5个研究室。专项建设有四川省玉米遗传育种国际科技合作基地、四川省新型饲用作物工程技术研究中心等省级平台，在四川、云南等有玉米科研试验基地800余亩。与国际玉米小麦改良中心、美国依阿华州立大学等建立了长期稳定的合作关系，与东南亚老挝联合成立了“中国－老挝：农作物联合育种中心”。

玉米所先后主持获得国家技术发明奖二等奖2项，四川省科技进步奖特等奖1项、一等奖5项；近五年承担国家、省部级科研项目（课题）198项，其中主持国家自然科学基金重点项目1项、国家重点研发计划项目1项；发表SCI论文166篇，含中科院一区/TOP论文60篇；授权国家发明专利16项、实用新型专利10项；培育了“川单”、“荣玉”等系列玉米品种100余个，累计推广应用新增产值300亿元以上；累计招收博士研究生50名、硕士研究生286名，培养毕业博士55名、硕士180名。