四川农业大学玉米研究所的前身是1963年农业部批准以著名玉米遗传育种学家杨允奎教授为主任的数量遗传实验室。1995年挂靠农学院重组为四川农业大学玉米研究中心，2000年更名为四川农业大学玉米研究所，2004年批准为学校正处级实体科研教学机构。全所现有教职工60人，具有正高级职称12人、博士学位38人，其中中国工程院院士1人、优秀青年基金获得者1人和国家万人计划2人、享受国务院政府津贴专家5人、四川省学术技术带头人5人、四川省有突出贡献的优秀专家6人。研究所主要从事玉米遗传育种科研和作物遗传育种、生物化学与分子生物学专业研究生培养工作，设有分子生物学、基因工程、细胞工程、数量遗传与生物信息学和玉米育种等5个研究室，现已成为我国玉米科学研究与人才培养的重要单位。

研究所培育 “川单”、“荣玉”等品牌系列玉米品种200余个，自育品种及其他单位应用我所育成的骨干系组配的杂交种推广成效显著，累计推广2亿余亩。先后主持获得国家技术发明奖二等奖2项，四川省科技进步奖特等奖1项、一等奖5项，获2018年中国作物学会和2023年神农中华科技奖的优秀创新团队奖，为西南玉米产业和我国玉米学科发展做出了重大贡献。

近五年来，研究所承担有国家、省部级科研项目（专项）200余项，其中主持国家自然科学基金优秀青年基金1项和重点项目1项、国家重点研发计划项目1项、国家玉米产业技术体系岗位科学家研发计划和四川省育种攻关、四川省生物育种重大专项等；培育新品种60个，其中国审新品种19个；发表科研论文300余篇，其中SCI论文200余篇，含中科院一区/TOP论文60篇；累计培养毕业博士50名、硕士229名，其中国外联合培养博士7名。