卢艳丽研究员合作完成的科研论文在《PLoS Genetics》上发表

9月11日，我校玉米研究所卢艳丽研究员与华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室严建兵教授合作在国际著名的遗传学期刊《PLoS Genetics》在线发表了玉米复杂农艺性状全基因组关联分析的研究论文《Genome Wide Association Studies using a new nonparametric model reveal the genetic architecture of 17 agronomic traits in an enlarged maize association panel》。 严建兵教授课题组博士研究生杨宁和卢艳丽研究员为本文的共同第一作者。《PLoS Genetics》近5年平均影响因子为8.9。

　　玉米是世界上最重要的粮食作物之一，具有丰富的遗传多样性。解析玉米复杂农艺性状，构建分子育种技术体系对推动我国及西南玉米遗传育种具有重大意义。研究课题利用全基因组SNPs芯片技术对513份玉米自交系进行基因型鉴定，结合该芯片信息和368份自交系RNA-seq SNPs数据(Li et al, 2013, Nature Genetics)，开发了一种适用于大片段基因型缺失的基因型推算方法，将高密度RNA-seq SNPs标记成功映射整合到了513份自交系芯片SNPs标记中，从而提高了后续全基因组关联分析的检测效率。同时，该研究在四川、云南等地考察了513份玉米自交系开花期、籽粒、株型等17个农艺性状，并利用混合线性模型(MLM)进行全基因组关联分析，鉴定农艺性状相关候选基因。此外，为解决MLM在检测QTN时存在较高假阴性等问题，该研究引入了一种新的非参数统计模型 Anderson Darling test(AD test)。模拟数据分析表明，AD test对中等或微小效应QTN的检测更加有效。因此，该论文结合MLM和AD test两种模型对17个农艺性状进行全基因组遗传解析，发掘了以控制玉米开花基因ZmCCT为代表的一批重要关键基因，为玉米遗传改良提供了基因资源和有益信息，也为全基因组关联分析提供了另一种新的有效检测方法。